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二代測序實驗與測序原理ppt課件下載

素材編號:
418998
素材軟件:
PowerPoint
素材格式:
.ppt
素材上傳:
yangyiner
上傳時間:
2020-07-04
素材大小:
4 MB
素材類別:
生物課件PPT
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二代測序實驗與測序原理ppt課件

二代測序實驗與測序原理ppt課件免費下載是由PPT寶藏(www.ichenwin.com)會員yangyiner上傳推薦的生物課件PPT, 更新時間為2020-07-04,素材編號418998。

這是二代測序實驗與測序原理ppt課件,包括了樣本處理與測序原理簡介,羅氏454,Illumina solexa,原始數據質量控制等內容,歡迎點擊下載。

二代測序的建庫與測序原理
何有裕
yyhe@sibs.ac.cn
yyhe@biosino.com.cn
上海生物信息技術研究中心
上海眾信生物技術有限公司
蘇州眾信生物技術有限公司
內容
樣本處理與測序原理簡介
羅氏454
Illumina solexa
原始數據質量控制
TruSeq RNA and DNA Sample Preparation
Cluster Generation Overview
Template preparation-bridge RCR
Sequencing by Synthesis Overview
Cyclic reversible termination
Base calling
Flowcell layout on GAII
Primary Data Analysis By Firecrest and Bustard in RTA/OLB
Sequence multiple samples in the same lanes
Pair-end 測序優勢
Mate-pair 建庫和測序
Template preparation- emulsion PCR
Trends in Genet 24:133(2008)
Pyrosequencing
Single dNTP type flows per cycle
Inorganic pyrophosphate (PPi) drives visible light through a series of reactions
Remove unincorporated nucleotide
Base calling
Homopolymer error
靈活的多樣本標簽技術
454、solexa測序模式
Detect H+ released as a voltage change—fast
Common microchip design standards—low-cost manufacturing
Sequencing volume is increasing  
Fasta序列格式
Illumina sequence identifiers
Illumina sequence identifiers
序列質量
Q值對應ASCII碼
454原始數據圖片、sff格式、fasta格式(qual)
>HSAPGDX01D1KDA length=181 xy=1540_3788 region=1 run=R_2012_08_01_00_39_39
ACGTGTTCTGAGCCATATTGCGGTACTGGAAGGTGCGCCTGCACTGTCTGAGCACTGGTCACTGCTCGATACCAATGAAGCCTTATTTGATGAGGCGCGCACCACGCAGGCGGCGACTATTATCTTCTCGTTTGATCCAGAATAACCAAATCGAAAACGCTGGCAAGGCACACAGGGGATA
>HSAPGDX01D1KDA length=181 xy=1540_3788 region=1 run=R_2012_08_01_00_39_39
40 40 40 40 40 40 40 39 37 38 36 34 24 23 19 19 19 24 20 19 18 18 26 26 18 18 19 18 20 20 20 25 25 26 19 20 20 22 22 22 25 28 26 24 22 22 22 25 24 28 28 28 29 29 28 30 30 30 26 2626 27 27 27 31 31 30 28 28 28 30 30 30 30 26 21 21 20 20 26 27 28 24 25 20 20 20 20 19 19 19 27 28 28 30 30 31 30 28 28 30 31 31 32 32 31 31 30 30 30 31 27 24 24 22 20 20 20 22 2626 22 22 23 16 16 16 19 22 16 13 13 13 16 22 23 23 23 26 26 24 24 26 13 13 11 11 12 12 19 22 18 18 11 11 13 13 18 24 24 24 24 26 26 26 27 29 29 31 33 32 31 31 27 27 27 29 29 28 2622
454原始數據長度分布(質控后一樣)
Yield, data size produced by sequencer.
Reads, sequenced fragments.
Read length and quality.
Coverage fold, number of times a nucleotide is represented.
Depth, the average coverage fold.
Coverage rate, ratio of the region sequenced to the whole genome.
Homopolymer, e.g. AAAAA
通常深度測序數據處理流程
序列質量評估
• FastQC: A quality control tool for high throughput sequence data
• Java
•http://www.bioinformatics.bbsrc.ac.uk/projects/fastqc/
• Function:
QC pipeline
原始數據的質控過濾
Sequence level
Short sequences
Adaptor/primer
polyA | T region
Overall low-complexity sequence (Dust)
Contamination/unwanted sequences
Ns (low quality ends)
Quality level
Low quality base or region
目標:所有保留的都是高質量的,真正參與生物信息分析的數據。
Clean reads
去掉含有接頭序列的reads;
當單端測序read中含有的N的含量超過該條read長度比例的10% 時,去除此對paired reads;
當單端測序read中含有的低質量(低于5)堿基數超過該條read長度比例的50% 時,需要去除此對paired reads。
Reads中不合格的堿 基判斷標準:
reads中出現N, 記個數
reads中堿基質量分數低于20分, 記個數
去除的reads條件:
質 量不合格的堿基占reads長度的10%以 上(即10bp)
沒 有3’接 頭的reads
5’接頭污染的reads
沒 有插入判斷的reads
 

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